Οι πελαργοί είναι μονογαμικά πουλιά. Όταν ωριμάσουν και ζευγαρώσουν, το αρσενικό με το θηλυκό διατηρούν το δεσμό τους για ένα πολύ μεγάλο χρονικό διάστημα. Μετά την άφιξη ή την εκλογή της συντρόφου, το θηλυκό γεννά τον Απρίλιο, συνήθως 2-3, πολλές φορές όμως ως και 6 αυγά. Κάθε δύο μέρες γεννά και ένα αυγό, που είναι ελλειπτικό, καθαρόλευκο, ζυγίζει 110 περίπου γραμμάρια και έχει διαστάσεις 52Χ75 χιλιοστά.
Το κλώσισμα, που κρατάει 30 περίπου ημέρες, γίνεται και από τούς δυο γονείς. Αλλά και όταν εκκολαφθούν οι νεοσσοί, πάντα ένας από τους δυο γονείς μένει κοντά τους για να τους προστατεύει από τούς εχθρούς, τη βροχή, το κρύο ή τη ζέστη. Στην αρχή οι δυο γονείς εναλλάσσονται κανονικά. Φεύγει ο ένας και ξαναγυρίζει μετά δύο ώρες, για να φύγει ο άλλος.
Τα νεογνά όταν εκκολαφθούν, έχουν τα μάτια ανοιχτά και το σώμα τους σκεπάζεται με πτίλα, αλλά δεν μπορούν να εγκαταλείψουν τη φωλιά και να πετάξουν. Γι’ αυτό αναγκαστικά τρέφονται από τους γονείς τους. Τα μικρά έχουν μαύρο ράμφος που καθώς μεγαλώνουν, γίνεται καστανόχρωμο. Οι νεαροί πελαργοί που δεν έχουν ακόμα ενηλικιωθεί έχουν ωχρό κόκκινο ως πορτοκαλί ράμφος και πόδια.
Σε 3-4 εβδομάδες οι νεοσσοί μπορούν και στέκονται για μερικά λεπτά στα πόδια τους και μετά από επτά εβδομάδες για ένα τέταρτο περίπου. Αποκτούν τα πρώτα τους φτερά στην τρίτη εβδομάδα από όταν γεννηθούν, αργότερα αρχίζουν να εξασκούνται στο πέταγμα. Αλλά και όταν αρχίσουν να πετούν, επί 15 μέρες ακόμη εξακολουθούν να τρέφονται από τους γονείς τους και να κοιμούνται στη φωλιά. Κατόπιν γίνονται ανεξάρτητοι.
Οι μικροί πελαργοί τρέφονται και από τους δυο γονείς τους. Στην αρχή αυτοί αποβάλλουν με την μορφή εμετού την τροφή στο μέσο της φωλιάς απ’ όπου οι νεοσσοί την παίρνουν μόνοι τους. Οι γονείς, ιδίως τις θερμές ημέρες, ποτίζουν συχνά τα μικρά τους με νερό. Τα αχώνευτα μέρη της τροφής όπως τρίχες, κομμάτια από δέρμα ή όστρακα, άμμο, πετραδάκια κλπ., από ηλικία 20 ημερών οι μικροί πελαργοί μαθαίνουν να τα αποβάλλουν από το στόμα, συνήθως την νύχτα, σε μορφή μικρών σβόλων.
Όταν οι νεοσσοί αντιληφθούν κάποιον κίνδυνο πέφτουν στο δάπεδο της φωλιάς και πέφτουν σε ακινησία. Αυτό το κάνουν ακόμα και όταν επιστρέφουν οι γονείς τους στην φωλιά. Αυτή η συμπεριφορά βοηθάει πολύ τους επιστήμονες όταν τα δακτυλιώνουν μιας και οι νεοσσοί δεν αντιδρούν καθόλου.
Κατά την περίοδο της αναπαραγωγής, εκτός από τα ζευγάρια των πελαργών, γυρίζουν εδώ και εκεί και αζευγάρωτοι πελαργοί, που σε μερικές περιοχές πηγαίνουν κοπαδιαστά σε ομάδες έως 30 άτομα. Αυτοί είναι ανώριμα άτομα, αλλά και «εργένηδες», που για διάφορους λόγους δεν κλωσούν. Με την περίοδο της αναπαραγωγής συμπίπτει επίσης και η πτερόρροια για την ανανέωση ενός μέρους των ερετικών φτερών.
