Οι πελαργοί, αν και είναι πολύ ανθεκτικοί στο κρύο, είναι μεταναστευτικά πουλιά. Ό Ιερεμίας σημειώνει την κανονική, περιοδική εμφάνιση και εξαφάνιση τους. Όταν έρθει ο Οκτώβρης αφού ζευγάρωσαν, επισκεύασαν τη φωλιά και ανάθρεψαν τα μικρά τους, ετοιμάζονται να φύγουν πάλι και να πάνε πολύ μακριά, στη Νότιο Αφρική, όπου θα περάσουν τούς ψυχρούς μήνες του χειμώνα.

Λίγες ημέρες πριν από την αναχώρηση τους συναθροίζονται σε λιβάδια, κοντά σε τέλματα ή λίμνες, και από κει ξεκινούν όλοι μαζί. Τα νεαρά φεύγουν 1 με 2 εβδομάδες νωρίτερα από τους ενήλικες.

Οι πελαργοί κάνουν τα μακρύ αυτό ταξίδι τους όχι πετώντας, άλλα ανεμοπορώντας. Γι’ αυτό όμως χρειάζονται ανοδικά ρεύματα, πού δημιουργούνται μόνο πάνω από την στεριά. Ακόμα και όταν στέκεται ένας πελαργός καταναλώνει ενέργεια η οποία είναι γύρω στα 7,92 kcal/ώρα, που αυτό σημαίνει ότι κάθε πουλί χάνει 0,83 γραμμ. λίπους την ώρα. Σε μία ημέρα ένας πελαργός θα χρησιμοποιήσει 190 kcal που σημαίνει ότι χάνει 20 γραμμ. λίπους την ημέρα.

Όταν ο πελαργός πετά καταναλώνει 242 kcal/ώρα, ενώ όταν ανεμοπορεί 12 kcal/ ώρα, 20 φορές λιγότερο.

Αυτός είναι ο κύριος λόγος που οι πελαργοί αποφεύγουν την μετανάστευση πάνω από την θάλασσα. Όπως θα δούμε και στην συνέχεια, οι βασικοί διάδρομοι μετανάστευσης περνούν από τα στενά του Βοσπόρου και από το Γιβραλτάρ, αποφεύγοντας το πέρασμα πάνω από την Μεσόγειο. Παρόλα αυτά, με ένα ευνοϊκό άνεμο εύκολα θα περνούσαν πάνω από μια λωρίδα νερού, πού το πλάτος της δεν είναι πολύ μεγάλο.

Οι πελαργοί ξεκινούν το ταξίδι τους αργά, κατά τις δέκα το πρωί, όταν ο ήλιος βρίσκεται αρκετά ψηλά, το έδαφος έχει ζεσταθεί και έχουν αρχίσει να δημιουργούνται ανοδικά ρεύματα. Στην αρχή σηκώνονται ένας ή δύο πελαργοί, που τους ακολουθούν μερικοί άλλοι. Κατόπιν σηκώνονται άλλος ένας ή δύο. Αυτό συνεχίζεται για αρκετή ώρα και σχηματίζονται έτσι πολλές μικρές ομάδες, πού αρχίζουν να γυροπετούν και ν’ ανεβαίνουν όλο και ψηλότερα ξεπερνώντας σε πολλές περιπτώσεις τα 700μ.

Κατόπιν, ξαφνικά, όλοι μαζί αφήνουν τα θερμό ανοδικό ρεύμα και παίρνουν την κατεύθυνση μετανάστευσης με ταχύτητα που ξεπερνά τα 70 χλμ/ώρα. Σιγά σιγά χάνουν ύψος και πέφτουν στα 450 μ., από που τα πουλιά διασπείρονται και αρχίζουν να ψάχνουν για ένα καινούριο θερμό ανοδικό ρεύμα που θα τα βοηθήσει να ανεβούν πάλι ψηλά.

Είναι πολύ σημαντικό το κοπάδι να είναι μεγάλο, γιατί όσο περισσότερα πουλιά ψάχνουν για κάποιο ανοδικό ρεύμα τόσο πιο εύκολα και πιο γρήγορα θα το βρουν, με αποτέλεσμα η μετανάστευση να πηγαίνει πιο γρήγορα.

Για τον πελαργό, που είναι από τα είδη που χαρακτηρίζονται από την ομαδικότητα τους ειδικά κατά τη διάρκεια της μετανάστευσης, είναι πολύ σημαντικό να τηρούνται απόλυτα οι κανονισμοί του κοπαδιού για να μην μπαίνουν σε κίνδυνο τα άλλα πουλιά. Η ταχύτητα με την όποία πετούν είναι σχετικώς μικρή. Όταν μεταναστεύει ο πελαργός πετά 7-8 το πολύ 10 ώρες την ημέρα και μπορεί να καλύψει πάνω από 500 χλμ την ημέρα. Στην Ευρώπη που οι καιρικές συνθήκες δεν είναι πολύ ευνοϊκές για κάτι τέτοιο καλύπτει 200-250 χλμ την ημέρα, ενώ στην θερμότερη Αφρική γύρω στα 300 χλμ.

Όταν έρθει το βράδυ κατεβαίνουν και περνούν τη νύχτα στα δέντρα ή κτήρια, γιατί δεν ταξιδεύουν παρά μόνο μέρα. Κατά διαστήματα σταματούν για να τραφούν.

Κατά τη διάρκεια της φθινοπωρινής μετανάστευσης οι πελαργοί μεταναστεύουν πολύ πιο γρήγορα συγκριτικά με την άνοιξη, ενώ δεν τρέφονται και πολύ συχνά, οπότε δεν υπάρχει και ανταγωνισμός στην εύρεση της τροφής. Κατεβαίνουν μόνο όταν είναι να πιουν νερό και κατά τη διάρκεια της νύχτας.

Την άνοιξη καλύπτουν μικρότερες εκτάσεις κατά τη διάρκεια της μετανάστευσης, λόγω των κακών καιρικών συνθηκών που επικρατούν αυτήν την περίοδο.