Τέθηκε σε ισχύ τον Νοέμβριο του 1983 και θεμελιώδης στόχος της είναι η προστασία των μεταναστευτικών ειδών (όχι μόνο πουλιών αλλά και θηλαστικών, ψαριών και ασπόνδυλων) αναγνωρίζοντας το γεγονός ότι τα είδη αυτά χρειάζονται προστασία σε όλο το εύρος της μεταναστευτικής διαδρομής τους και ότι η προστασία αυτή απαιτεί διεθνή συνεργασία και δράση.

Η Σύμβαση της Βόννης προβλέπει τρεις βασικές δράσεις για την προστασία των μεταναστευτικών ειδών άγριας πανίδας (όπως περιγράφονται στο άρθρο ΙΙ):

• Τα συμβαλλόμενα μέρη πρέπει να προωθούν, να συντονίζουν και να υποστηρίζουν την έρευνα σχετικά με τα μεταναστευτικά είδη.
  
   
• Τα συμβαλλόμενα μέρη πρέπει να σπεύσουν στην άμεση προστασία των μεταναστευτικών ειδών που περιλαμβάνονται στο Παράρτημα Ι της Σύμβασης.
  
   
• Τα συμβαλλόμενα μέρη πρέπει να συνάπτουν συμφωνίες για την προστασία και διαχείριση των μεταναστευτικών ειδών που αναφέρονται στο Παράρτημα ΙΙ της Σύμβασης.

Έτσι, αν ένα συμβαλλόμενο κράτος αποτελεί χώρο διέλευσης ενός μεταναστευτικού είδους που αναφέρεται στα Παραρτήματα Ι και ΙΙ, τότε το κράτος αυτό αναλαμβάνει την υποχρέωση να παρέχει αυστηρή προστασία όσον αφορά στα είδη του Παραρτήματος Ι και να συνάπτει συμφωνίες με άλλα κράτη διέλευσης για τη διατήρηση και διαφύλαξη ειδών του Παραρτήματος ΙΙ. Τα είδη του Παραρτήματος Ι απειλούνται με εξαφάνιση σε ολόκληρη την κατανομή τους ή σε μεγάλο μέρος της και τα είδη του Παραρτήματος ΙΙ είναι εκείνα που θα επωφεληθούν από τη διεθνή συνεργασία για τη διατήρηση και προστασία τους.

Για τα είδη του Παραρτήματος Ι τα συμβαλλόμενα μέρη που αποτελούν κράτη διέλευσης είναι υποχρεωμένα να προσπαθήσουν, μεταξύ άλλων, να διατηρήσουν και, όπου είναι εφικτό, να αποκαταστήσουν βιοτόπους που έχουν σημασία για την επιβίωση των ειδών που αντιμετωπίζουν κίνδυνο εξαφάνισης.

Για τα είδη του Παραρτήματος ΙΙ, τα συμβαλλόμενα μέρη υποχρεώνονται να υπογράψουν συμφωνίες που μεριμνούν για τη διατήρηση ενός δικτύου σημαντικών βιοτόπων κατάλληλα κατανεμημένων σε σχέση με τις μεταναστευτικές οδούς.

H κοινοτική Οδηγία 98/145/EC της 12ης Φεβρουαρίου 1998 περιλαμβάνει μια λίστα από 21 είδη τα οποία προστέθηκαν στο Παράρτημα Ι της Σύμβασης (Απειλουμένων ειδών) και 22 είδη έχουν προστεθεί στο Παράρτημα ΙΙ (είδη που συντηρούνται μέσω των συμφωνιών).

Σύμφωνα με τη Συνθήκη της Βόννης, που προβλέπει το σύνολο των περιφερειακών συμφωνιών για τα είδη που απαριθμούνται στο παράρτημα ΙΙ, την 1η Σεπτεμβρίου 1997 η Κοινότητα υπέγραψε συμφωνία που θεσπίζει κατάλληλο διεθνές νομικό πλαίσιο για τη συντήρηση των μεταναστευτικών ειδών και των πληθυσμών θαλάσσιων πτηνών, τα άτομα τα οποία μεταναστεύουν στο Δυτική Παλαιαρκτική και την Αφρική. Η πρόταση για απόφαση εγκρίνει τη συμφωνία εξ ονόματος της Κοινότητας.

Η συμφωνία, που τέθηκε σε ισχύ την 1η Νοεμβρίου 1999, καλύπτει 235 είδη θαλάσσιων πουλιών εξαρτώμενων από τους υγρότοπους για τουλάχιστον μέρος του ετήσιου κύκλου τους και έναν τομέα 60 εκατομμύριa τετραγωνικών χιλιομέτρων που καλύπτουν 116 κράτη (όλη την Ευρώπη και Αφρική και μέρος της Ασίας). Επιτρέπει διάφορα συντονισμένα μέτρα για να επιτευχθεί και να διατηρηθεί μια ευνοϊκή θέση συντήρησης για τα Αφρικανικά-Ευρασιατικά μεταναστευτικά θαλάσσoπούλια που έχουν σχέση. Υπάρχουν επίσης μέτρα προτεραιότητας για ορισμένα είδη.