Η περίοδος διαχείμανσης, ανάλογα με τα είδη, μπορεί να αρχίσει από τον Οκτώβριο και να διαρκέσει μέχρι το Μάρτιο. Τα βασικά στοιχεία που καθορίζουν τη διαχείμανση των πουλιών στην περιοχή είναι η παρουσία του υγροτόπου και το ήπιο κλίμα.
Οι αριθμοί όσο και η ποικιλία ειδών που διαχειμάζουν είναι σημαντικοί. Τα τελευταία χρόνια παρατηρείται μία συνεχώς αυξανόμενη ποικιλία ειδών που διαχειμάζουν στον υγρότοπο και που φαίνεται, τουλάχιστον κατά μέρος, να οφείλεται στην ελάττωση της κυνηγετικής όχλησης.
Η ποικιλία αυτή έχει επίσης να κάνει με την αντίστοιχη ποικιλία ενδιαιτημάτων αλλά και το ήπιο κλίμα της περιοχής που έχει σαν αποτέλεσμα να παραμένουν ακόμη και είδη που φυσιολογικά δεν διαχειμάζουν στην Ελλάδα ή και την Ευρώπη. Τέτοια είναι διάφοροι ερωδιοί, πελαργοί, παρυδάτια και αρπακτικά.
Όσον αφορά τους αριθμούς, ο υγρότοπος έχει μεγάλη αξία κυρίως για δύο ομάδες πουλιών:
- Τα υδρόβια. Οι πάπιες και οι φαλαρίδες είναι η πολυπληθέστερη ομάδα πουλιών το χειμώνα. Η εντυπωσιακή αύξηση του πληθυσμού τους, που ξεπέρασε τις 16.000 πουλιά, μετά τη βελτίωση των συνθηκών με την είδοδο γλυκού νερού δείχνει τις μεγάλες δυνατότητες που έχει αυτή η περιοχή για αυτά τα είδη.
Τα πιό πολυάριθμα είδη είναι οι Φαλαρίδες και οι Κοκκινοκέφαλες πάπιες Aythia ferina. Και για για τα δύο είδη το Διβάρι είναι η καλύτερη περιοχή στην Πελοπόννησο. Είναι χαρακτηριστικό πως το Διβάρι φιλοξενεί πλέον περισσότερα υδρόβια από ότι η περιοχή RAMSAR Κοτυχίου - Στροφυλιάς.
Η σημασία της περιοχής για αυτά τα πουλιά έχει γίνει μεγαλύτερη μετά την αποξήρανση της Αγουλινίτσας το 1970 που ήταν ο σημαντικότερος υγρότοπος της Πελοποννήσου. Οι μαρτυρίες από ντόπιους δείχνουν ότι πολλές χιλιάδες πουλιά βρέθηκαν στο Διβάρι στα πρώτα χρόνια της δεκαετίας του 1970. Είναι προφανές ότι επρόκειτο για πουλιά που διαχείμαζαν στην Αγουλινίτσα πριν αυτή αποξηρανθεί.
Αυτό το γεγονός μας δείχνει και το σημαντικό ρόλο της περιοχής ως καταφύγιο για τα υδρόβια καθώς είναι ο νοτιότερος κατάλληλος υγρότοπος που μπορούν να βρούν στη Δυτική Ελλάδα.
- Οι Ερωδιοί και οι Κορμοράνοι. Στον υγρότοπο διαχειμάζουν σημαντικοί αριθμοί από ψαροφάγα είδη που περιλαμβάνουν μέχρι πάνω από 500 ερωδιούς και πάνω από 1000 Κορμοράνους.
Τα είδη αυτά αυξήθηκαν εντυπωσιακά μετά τα τέλη της δεκαετίας του 1980. Η συρρίκνωση του καλαμιώνα στο έλος, που έδωσε τη θέση του σε εκτεταμένα ρηχά νερά φαίνεται πως ευνόησε, σε έναν βαθμό, ιδιαίτερα τους ερωδιούς. Η παύση της έντονης κυνηγετικής ενόχλησης φαίνεται πως έπαιξε επίσης σημαντικό ρόλο αφού συνέπεσε με την αύξηση των αριθμών των ερωδιών. Όσον αφορά τον Κορμοράνο, αυτός γνώρισε έτσι κι αλλιώς μεγάλη πληθυσμιακή αύξηση σε όλη την Ευρώπη.
Ο υγρότοπος είναι η πιό σημαντική περιοχή στην Πελοπόννησο, και μία από τις καλύτερες στην Ελλάδα για τους ερωδιούς, ιδιαίτερα για τον απειλούμενο Αργυροτσικνιά. Σημαντικό ρόλο για αυτά τα πουλιά παίζει επίσης η Σφακτηρία και η νησίδα Χελωνάκι στον όρμο του Ναβαρίνου. Αυτά τα μέρη αποτελούν ασφαλείς θέσεις κουρνιάσματος και είναι ζωτικής σημασίας για όλα τα ψαροφάγα.
