Η καινοτόμος αυτή οδηγία υπογράφτηκε τον Μάιο του 1992 και θέτει ως αρχή την προστασία ολόκληρων ζωνών και φυσικών οικοτόπων ανεξάρτητα από το αν αποτελούν ή όχι βιοτόπους προστατευόμενων ειδών. Η Οδηγία στοχεύει στην δημιουργία ενός ευρωπαϊκού δικτύου ειδικά προστατευόμενων περιοχών με το όνομα Natura 2000, που θα περιλαμβάνει ορισμένους τύπων βιοτόπων καθώς και βιοτόπους συγκεκριμένων ειδών, θηλαστικών ή πουλιών, όπως αναφέρονται στα αντίστοιχα παραρτήματα της οδηγίας.

Τα κράτη μέλη υποχρεώνονται να διαχειριστούν τις περιοχές αυτές ή και να λάβουν μέτρα για την αναβάθμιση τους. Το Natura 2000 θα συμπεριλάβει και τις Ζώνες Ειδικής Προστασίας που έχουν καθοριστεί βάσει της Οδηγίας 2009/147/ΕΚ για την διατήρηση των άγριων πουλιών. Τα κριτήρια ένταξης μιας περιοχής από τους τύπους που περιγράφονται στο παράρτημα Ι ή ενός βιοτόπου των ειδών που περιγράφονται στο παράρτημα ΙΙ είναι:

1. Βαθμός αντιπροσώπευσης του φυσικού βιότοπου στην περιοχή μελέτης.
2. Ποσοστό κάλυψης της συγκεκριμένης περιοχής από έναν βιότοπο σε σχέση με την ολική κάλυψη του ίδιου βιότοπου σε εθνικό επίπεδο.
3. Βαθμός προστασίας της δομής και λειτουργίας των φυσικών βιοτόπων και προοπτικές αποκατάστασης.
4. Συνολική εκτίμηση της αξίας της περιοχής για την προστασία του εν λόγω βιοτόπου.

Σχετικά με τα είδη, τα κριτήρια είναι:

1. Μέγεθος και πυκνότητα του πληθυσμού του είδους σε σχέση με τον συνολικό πληθυσμό της χώρας.
2. Βαθμός προστασίας των παραγόντων του βιοτόπου που είναι σημαντικοί για το συγκεκριμένο είδος και δυνατότητες βελτίωσης.
3. Βαθμός απομόνωσης του εν λόγω πληθυσμού σε σχέση με τον υπόλοιπο πληθυσμό της χώρας.
4. Συνολική εκτίμηση της αξίας της περιοχής για την προστασία του συγκεκριμένου είδους.

Βάση των παραπάνω κριτηρίων ορίζονται οι περιοχές που είναι σημαντικές σε εθνικό επίπεδο, ενώ περαιτέρω διαδικασία ακολουθείται για την αναγνώριση περιοχών σημαντικών σε πανευρωπαϊκό επίπεδο.