Η οδηγία, που υιοθετήθηκε τον Απρίλιο του 1979, τέθηκε σε ισχύ τον Απρίλιο του 1981 και απαιτεί από τα 12 κράτη - μέλη να διατηρήσουν όχι μόνο τους πληθυσμούς αγρίων πουλιών που ζουν εκ φύσεως σε άγρια κατάσταση, αλλά και επαρκή έκταση και ποικιλία βιοτόπων για να επιτευχθεί η προστασία τους. Η οδηγία (και απόφαση, δες παρακάτω) επιβάλλει αυστηρές νομικές υποχρεώσεις στα κράτη - μέλη και η Ευρωπαϊκή Επιτροπή είναι υπεύθυνη για την συνεχή επίβλεψη της εφαρμογής τους. Η Επιτροπή μπορεί να φέρει μία υπόθεση στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο, αν θεωρήσει ότι ένα κράτος - μέλος παρέβη τους όρους της οδηγίας. Το άρθρο 4 (1, 2 και 4) απαιτεί το εξής:

1. Για τα είδη που αναφέρονται στο Παράρτημα Ι να λαμβάνονται ιδιαίτερα μέτρα προστασίας όσον αφορά στον βιότοπό τους, έτσι ώστε να διασφαλίζεται η επιβίωση και αναπαραγωγή στην περιοχή εξάπλωσής τους.
2. Τα κράτη - μέλη να καθορίζουν τις πιο κατάλληλες περιοχές, σε αριθμό και μέγεθος, ως «Ζώνές Ειδικής Προστασίας» για τη διατήρηση αυτών των ειδών, λαμβάνοντας υπόψη τις απαιτήσεις τους για προστασία μέσα στην γεωγραφική περιοχή (θαλάσσια και χερσαία), όπου αυτή η οδηγία εφαρμόζεται.
3. Τα κράτη - μέλη να υιοθετούν κατάλληλα μέτρα για τα τακτικά εμφανιζόμενα μεταναστευτικά είδη που δεν αναγράφονται στο Παράρτημα Ι, λαμβάνοντας υπόψιν τους την ανάγκη προστασίας τους στην γεωγραφική, θαλάσσια και χερσαία περιοχή, όπου εφαρμόζεται αυτή η οδηγία, όσον αφορά στις περιοχές αναπαραγωγής, αλλαγής φτερώματος, ξεχειμωνιάσματος καθώς και στους σταθμούς κατά μήκος των μεταναστευτικών τους οδών. Γι' αυτόν τον σκοπό, τα κράτη - μέλη λαμβάνουν ιδιαίτερα υπόψιν τους την προστασία των υγροτόπων και συγκεκριμένα των υγροτόπων διεθνούς σημασίας.
4. Τα κράτη - μέλη να παίρνουν τα απαραίτητα μέτρα για την αποφυγή της ρύπανσης ή υποβάθμισης των βιοτόπων ή οποιασδήποτε ενόχλησης που θα επηρέαζε τα πουλιά, στο βαθμό που αυτή θα αποτελούσε σημαντική απειλή για την επίτευξη των στόχων αυτού του άρθρου.

Η πρόταση που αναφέρεται στους υγροτόπους διεθνής σημασίας ερμηνεύεται ως σαφής αναφορά στην Σύμβαση Ramsar.

Το Παράρτημα Ι είναι ένας κατάλογος ειδών και υποειδών τα οποία στην Ευρωπαϊκή Ένωση, είτε απειλούνται με εξαφάνιση, είτε είναι ευάλωτα σε συγκεκριμένες αλλαγές των βιοτόπων τους, είτε είναι σπάνια λόγω μικρών πληθυσμών ή περιορισμένης τοπικής κατανομής, είτε είναι είδη που απαιτούν ιδιαίτερη προσοχή λόγω της ειδικής φύσης των βιοτόπων τους. Το Παράρτημα Ι τροποποιήθηκε το 1985 και τώρα περιλαμβάνεται έναν κατάλογο 144 ειδών και υποειδών.

Με απόφαση της 2 Απριλίου 1979, το Συμβούλιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης ζήτησε από τα κράτη - μέλη να κοινοποιήσουν στην Επιτροπή, μέσα σε 24 μήνες από την υιοθέτηση της οδηγίας, «τις Περιοχές Ειδικής Προστασίας που οριοθετήθηκαν για τα είδη του Παραρτήματος Ι» και να «πάρουν παρόμοια μέτρα για τα τακτικά εμφανιζόμενα μεταναστευτικά είδη που δεν περιλαμβάνονται στο Παράρτημα Ι».

Σήμερα έχουν ήδη χαρακτηριστεί 3.000 ΖΕΠ, που καλύπτουν περίπου 8% του εδάφους της Ευρωπαϊκής Ένωσης στην ξηρά καθώς και επιπλέον σημαντικές θαλάσσιες εκτάσεις που υπερβαίνουν τα 2,7 εκατ. εκτάρια, μολονότι, μόνο τέσσερις χώρες (Βέλγιο, Δανία, Λουξεμβούργο και Ολλανδία) έχουν σχεδόν ολοκληρώσει τη συμβολή τους στο δίκτυο των ΖΕΠ. Η Ελλάδα έχει ορίσει μέχρι σήμερα 151 Ζώνες Ειδικής Προστασίας.