Είναι προφανές ότι όσο περνάει ο καιρός οι παλιές δοξασίες ξεχνιούνται και η ευνοϊκή συμπεριφορά του άνθρώπου προς τον πελαργό υποχωρεί. Οι κίνδυνοι που απειλούν τους πελαργούς στις μέρες μας είναι αρκετοί, κάποιοι από τους οποίους δημιουργούν πολύ σοβαρά προβλήματα στους τοπικούς πληθυσμούς του είδους.

• Βασική αιτία της ελάττωσης του αριθμού των πελαργών είναι ότι τα ζώα αυτά είναι συνδεδεμένα, σε μικρότερο ή μεγαλύτερο βαθμό, με ένα συγκεκριμένο βιότοπο, τα υγρά λιβάδια και τα βαλτοτόπια. Όταν αποξηραίνονται τέτοιοι υγρότοποι, τα πουλιά δυσκολεύονται να βρουν τροφή και έτσι εξαφανίζονται. Τα υγρά λιβάδια έχουν, στις μέρες μας, τεμαχιστεί, η έκταση τους έχει μικρύνει και έχουν γίνει φτωχότερα σε βιοποικιλότητα.
• Τα ηλεκτροφόρα σύρματα με τα οποία έχει γεμίσει η ευρωπαϊκή ύπαιθρος αποτελούν, αυτή τη στιγμή, έναν από τους σημαντικότερους κινδύνους, ιδιαίτερα για τους νεαρούς πελαργούς. Έρευνες πού έχουν γίνει τα τελευταία χρόνια έδειξαν ότι το 1/3 από τους θανάτους των νεαρών πελαργών οφείλεται σε ηλεκτροπληξίες. Οι ανοικτές εκτάσεις μειώνονται συνεχώς στη Δυτική Ευρώπη. Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελεί το μεγάλο δίκτυο των γραμμών ηλεκτρικής ενέργειας που εκτείνεται σε όλη την Ευρώπη και βάζει τα μεγάλα μεταναστευτικά πουλιά σε σοβαρό κίνδυνο
• Η ξηρασία της Δυτικής Αφρικής ήταν, πιθανώς, ένας από το σημαντικότερους λόγους για την μείωση του πληθυσμού των πελαργών στην Ιβηρική χερσόνησο πριν από 1984. Οι αντίξοες συνθήκες έκαναν πολύ δύσκολη την εύρεση τροφής στις περιοχές διαχείμασης στην Αφρική και είχαν σημαντικές επιπτώσεις στην αναπαραγωγή των πελαργών. Τα πουλιά αποδυναμώνονταν καθώς αναγκάζονταν να μεταναστεύουν σε πολύ μεγάλες αποστάσεις και είχαν μειωμένη αναπαραγωγική επιτυχία.
• Είναι ευνόητο επίσης ότι ο πολλαπλασιασμός των κυνηγετικών οπλών και η χρησιμοποίηση χημικών ουσιών (ζιζανιοκτόνα) παίζουν πολύ αρνητικό ρόλο στους πληθυσμούς του πελαργού.
• Πολλές φορές τα πουλιά προσβάλλονται από παράσιτα, προπαντός τρηματώδεις σκώληκες, με τα οποία μολύνονται τρώγοντας βατράχια κτλ., τα οποία λειτουργούν ως ενδιάμεσοι ξενιστές. Ανάμεσα στους εχθρούς των συγκαταλέγονται επίσης ο Σπιζαετός, ο Χρυσαετός κ.α.

Μετρήσεις που έχουν γίνει από το 1944, σχετικά με την αναπαραγωγική επιτυχία των πελαργών έδειξαν ότι τόσο ο αριθμός των πελαργών, όσο και ο αριθμός των αυγών που γεννούν κάθε χρόνο συνεχώς ελαττώνεται. Στη Δανία π.χ. στο τέλος του πρώτου παγκόσμιου πολέμου ζούσαν χίλια περίπου ζευγάρια πελαργών, ενώ στο τέλος του δευτέρου μόνο 300. Στην Ολλανδία από τα 132 ζευγάρια πού μετρήθηκαν το 1935, μετά από 20 χρόνια, το 1955, είχαν απομείνει μόνο 50, και στην Ελβετία από τα 150 ζευγάρια που ζούσαν το 1900 εκεί, δεν απόμεινε κανένα το 1949.

Στην Ελλάδα το 1958 υπήρχαν 9.190 ζευγάρια. Το 1974, σύμφωνα με τα στοιχεία που συγκέντρωσε η Ελληνική Εταιρία Προστασίας της Φύσεως, ζούσαν 1.325 και το επόμενο έτος, 3.014 άτομα. Αυτοί όμως οι αριθμοί δεν δίνουν την εικόνα της πραγματικότητας, γιατί προέρχονται από πληροφορίες που έδωσαν 228 κοινότητες το 1974 και 458 κοινότητες το 1975. Οπωσδήποτε όμως είναι γεγονός ότι και στην Ελλάδα ο αριθμός των πελαργών έχει σημαντικά ελαττωθεί την τελευταία δεκαετία.

Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι προσπάθειες που έγιναν, ιδίως τις τελευταίες δεκαετίες, για την επανεγκατάσταση του πελαργού στα μέρη από όπου έχει εξαφανιστεί, κυρίως στην Κεντρική και την Δυτική Ευρώπη. Στις περισσότερες περιπτώσεις αυτές οι επανεισαγωγές του πελαργού εκεί πέτυχαν και το αποτέλεσμα τους το βλέπουμε στην απογραφή του 1984.

Τα αποτελέσματα της 5ης Διεθνούς Απογραφής των πελαργών ήταν πολύ ενθαρρυντικά. Για πρώτη φορά, μετά από δεκαετίες μείωσης, φάνηκε ότι υπάρχει μια πραγματική πιθανότητα για την επιβίωση του Πελαργού, όχι μόνο στην Ανατολική Ευρώπη, που αποτελεί το "προπύργιο" του πληθυσμού του, αλλά και στις χώρες όπου μερικά χρονιά πριν, η επιβίωση του είδους στον 21ο αιώνα ήταν αμφισβητήσιμη.

Ποιες είναι οι επιπτώσεις από αυτήν τη νέα κατάσταση για τις μελλοντικές προσπάθειες διατήρησης των πελαργών; Είναι ο πελαργός "εκτός κινδύνου"; Είναι ακόμα απαραίτητη και δικαιολογείται η επένδυση εργατικού δυναμικού και οικονομικών πόρων για την προστασία του είδους;

Είναι μόνο θέμα χρόνου ότι οι περίοδοι ξηρασίας θα εμφανιστούν ξανά στις περιοχές διαχείμασης του πελαργού στην Δυτική Αφρική. Η εισαγωγή της αγροτικής πολιτικής της ΕΕ στις χώρες της Ανατολικής Ευρώπης θα καταστρέψει τους βιότοπους που τρέφονται οι πελαργοί στην Πολωνία αλλά και σε άλλες βασικές περιοχές των ειδών.

Στο μεγαλύτερο μέρος της κατανομής του ο πελαργός απειλείται. Κατά συνέπεια οι πληθυσμοί των πελαργών στην Ανατολική και Νοτιοδυτική Ευρώπη θα μειωθούν πάλι. Η διασπορά των πελαργών από αυτούς τους "κύριους πυρήνες" του πληθυσμού του στην Βορειοδυτική Ευρώπη θα μειωθεί, και το καθεστώς των πληθυσμών, ιδιαίτερα των "περιφερειακών πληθυσμών", μπορεί γρήγορα να αρχίσει να επιδεινώνεται.

Ο πελαργός είναι ένα από τα βασικότερα και σημαντικότερα είδη για τις προσπάθειες διατήρησης της φύσης, τουλάχιστον στη Δυτική Ευρώπη. Για κανένα άλλο είδος ζώου ή φυτού το κοινό δεν παρουσιάζει τόσο ενδιαφέρον όσο για τον πελαργό. Η ευαισθητοποίηση για τη διατήρηση της φύσης, των πολιτικών αλλά και του κοινού μπορεί να αυξηθεί αρκετά με τη χρησιμοποίηση του πελαργού ως "σύμβολο" για τη διατήρηση των βιοτόπων της Ευρώπη μέσα από όποια διαχειριστικά μέτρα εφαρμοσθούν στις διάφορες χώρες για αυτό τον σκοπό.

Ο πελαργός είναι επίσης ένα πολύτιμο εργαλείο για την αύξηση της ευαισθητοποίησης αλλά και ενημέρωσης του κόσμου στην διατήρηση της άγριας φύσης σε διεθνές επίπεδο. Παραδείγματος χάριν, συζητήσεις σχετικά με την τοξικότητα των locusticides και άλλων βιοκτόνων που χρησιμοποιούνται στην Ανατολική και τη Δυτική Αφρική έγιναν γνωστές από τις εκθέσεις σχετικά με τις επιπτώσεις αυτών των χημικών στους Πελαργούς κατά τη διάρκεια της μετανάστευσης.

Η διαχείριση της άγριας φύσης με την χρησιμοποίηση ζωικών (πελαργός) ή φυτικών ειδών ως σύμβολα είναι ο σύγχρονος τρόπος για τη διατήρηση των απειλούμενων οικοσυστημάτων της Ευρώπης της Ασίας της Αφρική, ενώ είναι μια σημαντική συμβολή προς τη διατήρηση της βιοποικιλότητας γενικότερα.