Στον υγρότοπο μέχρι σήμερα έχουν παρατηρηθεί 164 είδη πουλιών. Από τον Απρίλιο 2008, η συστηματική εβδομαδιαία παρακολούθηση από εθελοντές, μέλη και συνεργάτες της Ορνιθολογικής εμπλούτισε τον κατάλογο των ειδών πουλιών που απαντούν στην περιοχή και συνέβαλε στη λεπτομερέστερη καταγραφή των μεταβολών του αριθμού των ατόμων των διαφόρων ειδών που φιλοξενούνται στην περιοχή κατά τη διάρκεια του έτους. Από το 2009 ορίστηκαν τα είδη προτεραιότητας του υγροτόπου, όπως αυτά περιγράφονται από την Ειδική Περιβαλλοντική Μελέτη και συμπληρώθηκαν με είδη που προέκυψαν από την παρακολούθηση των ετών 2008 και 2009. Μεταξύ αυτών είναι η Βαλτόπαπια (Aythya nyroca), ο Αργυροπελεκάνος (Pelecanus crispus), το Γκισάρι, (Aythya ferina), ο Νυχτοκόρακας (Nycticorax nycticorax) κ.ά. Από τον Ιανουάριο 2010 για τα είδη προτεραιότητας παρακολουθείται εκτός από την παρουσία/ αφθονία τους, και η κατανομή τους στους διάφορους οικοτόπους του υγροτόπου.

Η πρώτη επεξεργασία των στοιχείων έδωσε ενδιαφέροντα αποτελέσματα. Ενδεικτικά, παρουσιάζεται παρακάτω η κατανομή της Βαλτόπαπιας, του πιο σημαντικού προστατευόμενου είδους που αναπαράγεται στον υγρότοπο (Διάγραμμα 1α). Η Βαλτόπαπια είναι ένα είδος που παρατηρείται κυρίως τέλος καλοκαιριού και το φθινόπωρο. Κατά την αναπαραγωγική περίοδο προτιμά τη "σιγουριά" που εξασφαλίζουν οι πυκνοί καλαμιώνες, οπότε δύσκολα γίνεται αντιληπτή. Έτσι μόνο υποθέσεις μπορούν να γίνουν αναφορικά με τον αναπαραγόμενο πληθυσμό.

Αντίθετα, ο Κύκνος (Cygnus olor) είναι ένα είδος που παρατηρείται εύκολα στον υγρότοπο καθ' όλη τη διάρκεια του έτους (Διάγραμμα 1β), άλλωστε από κάποιους η περιοχή αποκαλείται η "λίμνη των κύκνων". Σε αυτό το σημείο, αξίζει να αναφερθεί ότι στο παρελθόν η ΔΕΗ είχε εισάγει κύκνους στον υγρότοπο. Στην προσπάθεια να μείνουν οι νεαροί κύκνοι στη λίμνη σχεδόν κάθε χρόνο με ανάλογους χειρισμούς μειωνόταν η πτητική ικανότητα των πουλιών. Η τακτική αυτή έχει σταματήσει πια μετά από παρεμβάσεις της Ορνιθολογικής

Διάγραμμα 1α και 1β
Μεταβολή του αριθμού των ατόμων (μέγιστες παρατηρήσεις) Βαλτόπαπιας (αριστερά) και
του Κύκνου (δεξιά) στη λίμνη Άγρα κατά τα έτη 2008 (σκούρο γκρι) και 2009 (διαγράμμιση)

Ενδιαφέρουσα ήταν και η έρευνα τροφοληψίας τριών ειδών ερωδιών που πραγματοποιήθηκε στο 2008 στο πλαίσιο πρακτικής άσκησης δύο φοιτητριών του τμήματος Βιολογίας Α.Π.Θ., τα αποτελέσματα της οποίας παρουσιάστηκαν σε Διεθνές Ζωολογικό Συνέδριο. Περιληπτικά προέκυψε ότι ο Νυχτοκόρακας (Nycticorax nycticorax) τρέφεται σε παρόχθια βλάστηση, ο Κρυπτοτσικνιάς (Ardeola ralloides) σε παρυφές καλαμιώνα, ενώ ο Μικροτσικνιάς (Ixobrychus minutus) επέλεγε και τους δυο οικοτόπους για τροφοληψία. Καταγράφηκαν δύο μέθοδοι τροφοληψίας: 'stand-and-wait' (Κρυπτοτσικνιάς) και 'walking slowly' (Μικροτσικνιάς) οι οποίες εξασφάλισαν υψηλή επιτυχία στις προσπάθειες τροφοληψίας (μ.ο. 87% και 92% αντίστοιχα).

Λίστα ειδών πουλιών: