Ένας υγρότοπος αποτελεί συνήθως ένα σύμπλεγμα μικρο-οικοσυστημάτων, τα οποία ανάλογα με τη δράση του νερού και του υπεδάφους τους χαρακτηρίζονται από διαφορετικό τύπο βλάστησης όπου αναπτύσσονται διαφορετικοί οργανισμοί, αλλά που όλα μαζί αποτελούν μέρη ενός οργανωμένου συνολικού συστήματος με έντονη αλληλεξάρτηση.

Παρακάτω αναλύονται τα οικοσυστήματα που απαντώνται τα οικοσυστήματα στην λιμνοθάλασσα της Γιάλοβας.

Κυρίως λιμνοθάλασσα

Καλύπτεται ως επί το πλείστο με θαλασσινό νερό. Εκεί αναπτύσσονται φυτικοί και ζωικοί οργανισμοί (φύκι, φυτοπλαγκτόν, ζωοπλαγκτόν, σκουλήκια, οστρακοειδή) που αντέχουν σε υψηλές τιμές αλατότητας και που αποτελούν τη βάση τροφής για τους αμέσως ανώτερους οργανισμούς όπως ορισμένα είδη ψαριών και πουλιών.

Έλος η βάλτος

Περιοχές κοντά στις εκβολές ποταμών και σε αναβλύζοντα υπόγεια ύδατα που κατακλύζονται μόνιμα ή εποχικά με γλυκό νερό. Εκεί αναπτύσσονται υδρόφιλα και υδροχαρή φυτά όπως οι καλαμιώνες και τα βούρλα.

Οι ζωικοί οργανισμοί που ζουν εκεί έχουν αποκλειστική ανάγκη επιβίωσης, τουλάχιστον για ένας μέρος της ζωής τους, το γλυκό νερό (π.χ χέλι) Οι καλαμιώνες είναι πολύ σημαντικές περιοχές για τα μικρά ψάρια που βρίσκουν καταφύγιο και τροφή εκεί μέχρι να μεγαλώσουν.

Η ύπαρξη πολλών μικρών ψαριών αλλά και φυτικής γονιμότητας τους κάνει με τη σειρά τους ελκυστικούς και για τα πουλιά.

Τα πουλιά επίσης τους χρησιμοποιούν ως καταφύγιο και εκεί φτιάχνουν ανενόχλητα τη φωλιά τους αφού είναι μέρη δύσβατα τόσο για τον άνθρωπο όσο και για άλλα σαρκοφάγα ζώα (π.χ. ερωδιοί).

Έτσι το οικοσύστημα αυτό έχει να παίξει το δικό του σημαντικό ρόλο στη λειτουργία της φύσης.

Περιμετρικά της λιμνοθάλασσας

Περιμετρικά της λιμνοθάλασσας, κοντά στα κανάλια εισροής γλυκού νερού όπου υπάρχει έντονη ανάμειξή του με το θαλασσινό, παρατηρείται μεγάλη ποικιλία βλάστησης με τυπικό αντιπρόσωπο το είδος Salicornia europea, φυτό που λόγω της αποθηκευτικής ικανότητάς του σε αλάτι ευδοκιμεί σε περιοχές με υφάλμυρο νερό.

Η salicornia ανθοφορεί κατά τη διάρκεια της ξηρής περιόδου και χρωματίζει τους αλμυρόβαλτους κατακόκκινους.

Στο βάθος της φωτογραφίας διακρίνονται οι βραχώδεις περιοχές που και αυτές παίζουν το δικό τους ρόλο στο συνολικό οικοσύστημα αφού εκεί φωλιάζουν πουλιά όπως ο μπούφος, ο πετρίτης, το βραχοκιρκίνεζο και άλλα αρπακτικά, ζουν φίδια και χελώνες ενώ εκεί αποσύρονται τη νύχτα για να κοιμηθούν πουλιά όπως οι αργυροτσικνιάδες και οι κορμοράνοι.

Υγρά λιβάδια

Είναι τα λιβάδια περιμετρικά της λιμνοθάλασσας που το χειμώνα και την άνοιξη κατακλύζονται από νερό και παραμένουν πλημμυρισμένα ή απλώς υγρά για αρκετό χρονικό διάστημα.

Αυτά τα λιβάδια πολύ πλούσια σε θρεπτικά συστατικά και φυτική ποικιλότητα αποτελούν βασικά ενδιαιτήματα για τα πουλιά αλλά και για τις αγελάδες.

Ακόμα το νερό εξαναγκάζει τα ζώα που βρίσκονται μέσα σε αυτά όπως σκουλήκια, ποντίκια κ.ά. να βγουν στην επιφάνεια και έτσι να γίνουν μία εύκολη λεία για τα πουλιά.

Αυτά όμως τα οικοσυστήματα χάνονται πολύ εύκολα γιατί συχνά μετατρέπονται σε καλλιεργίσημη γη.

Mud flats

Οι περιοχές αυτές είναι αρκετά ρηχές και βρίσκονται περιμετρικά της κυρίως λιμνοθάλασσας. Κατά τη μεγαλύτερη περίοδο είναι καλυμμένες από υφάλμυρο νερό αλλά όταν εποχικά πέφτει η στάθμη της θάλασσας και το έδαφος τους βγαίνει στην επιφάνεια επιτρέπουν την εύκολη λεία οργανισμών κυρίως στα παρυδάτια πουλιά που τρέφονται αποκλειστικά σε ρηχές περιοχές.

Η βλάστηση που κυριαρχεί είναι συνήθως η salicornia εξαιτίας του αλμυρού νερού. Ενώ μπροστά φαίνονται τα πεθαμένα αρμυρίκια που άλλωτε πριν τα αποστραγγιστικά έργα και την μείωση του γλυκού νερου αποτελούσαν ένα αρμυροδάσος.

Αμμοθίνες

Είναι ένα δυναμικό και ευαίσθητο οικοσύστημα που βρίσκεται σε συνεχή σχηματισμό από την δράση του αέρα και της θάλασσας. Όλοι οι οργανισμοί που αναπτύσσονται εκεί είναι προσαρμοσμένοι έτσι ώστε να αντεπεξέρχονται σε αυτές τις φυσικές συνθήκες.

Έτσι τυπική βλάστηση των αμμοθινών είναι οι σχίνοι, τα πουρνάρια, οι κέδροι, τα θυμάρια και άλλη θαμνώδης βλάστηση που λειτουργούν ως φυσικός παράγοντας κατά της διάβρωσης των αμμοθινών, είναι ανθεκτικά στην αλμύρα που δέχονται από τον άνεμο και έχουν μικρές ανάγκες σε νερό αλλά και μικρό βαθμό ανάπτυξης, δηλαδή μεγαλώνουν αργά.

Εδώ παρατηρείται ότι η βλάστηση όσο πιο κοντά στην θάλασσα είναι τόσο πιο χαμηλή και ανθεκτική είναι στην αλμύρα ενώ σταδιακά όσο απομακρύνεται επιρεάζεται λιγότερο από τις συνθήκες του ανέμου και της θάλασσας και μπορεί να αναπτυχθεί περισσότερο αλλά να υπάρξει και μεγαλύτερη ποικιλία ειδών. Αυτά τα οικοσυστήματα είναι πολύ σημαντικά για άλλους οργανισμούς όπως τα ερπετά.

Ο χαμαιλέοντας και οι θαλάσσιες χελώνες δύο από τα πιο σπάνια είδη ερπετών της Ευρώπης που έχουμε εδώ, αναπαράγονται σε αυτές τις περιοχές.