Ο κυρίαρχος τύπος βλάστησης στον υγρότοπο είναι οι καλαμώνες,  με χαρακτηριστικά είδη τα καλάμια, βούρλα και ψαθιά, η επέκταση των οποίων όμως σε κάποιες περιπτώσεις γίνεται σε βάρος άλλων βιοτόπων του υγροτόπου.

Στο δυτικό κυρίως τμήμα της λίμνης και κοντά στον οικισμό των Βρυττών, όπου διατηρούνται ενεργοί επιφανειακοί τυρφώνες, σχηματίζονται υγρά λιβάδια, με κυρίαρχο φυτό το σπαθόχορτο Cladium mariscus και χαρακτηριστικά είδη τα καλάμια, τα ψαθιά και τα βούρλα, δημιουργοώντας "ασβεστούχους βάλτους", οικοτόπους προτεραιότητας για την Ε.Ε. με βάση την Οδηγία των Οικοτόπων. Στα υγρά λιβάδια παρατηρούνται κάθε χρόνο μοναδικά φυτά, όπως είναι οι ίριδες και οι ορχιδέες (Cephalanthera longifolia, Epipactis palustris, Orchis palustris, Dactylorhiza maculata, Dactylorhiza incarnate, Ophrys sphegodes, κλπ.). Πρόκειται πάντως για ασταθή και ευαίσθητα οικοσυστήματα, άμεσα εξαρτώμενα από τη διατήρηση συγκεκριμένης στάθμης του υγροφορέα, με μεγάλη οικολογική σημασία, αφού αποτελούν δείκτη διατήρησης των περιβαλλοντικών και υδρολογικών συνθηκών στην περιοχή. Το ευαίσθητο αυτό οικοσύστημα κινδυνεύει από τις διαταραχές της υδρολογίας, την σε βάρος του επέκταση των καλαμώνων και των καλλιεργειών και σε καποιες περιπτώσεις από την ανεξέλεγκτη βόσκηση.

Κατά μήκως των καναλιών και σε παρόχθιες θέσεις απαντούν υδρόφιλα είδη όπως ιτιές και λεύκες, ενδιαιτήματα πολύ σημαντικά για τη διαβίωση σπάνιων αρπακτικών και υδρόβιων πουλιών. Στις υδάτινες επιφάνειες κυριαρχούν πλευστόφυτα όπως οι ποταμογείτονες και τα νούφαρα, δημιουργώντας θέσεις κατάλληλες για την απόθεση των αυγών των ψαριών.

Στους γύρω λόφους συναντά κανείς λιβάδια, θαμνότοπους και μικτά δάση φυλλοβόλων ειδών, απομεινάρια των οποίων υπάρχουν και σε θέσεις γύρω από τη λίμνη, όπως οι Μακεδονικές δρύες στη χερσόνησο του Αγίου Γεωργίου και οι φιλλύρες στο σιδηροδρομικό σταθμό Άγρα.